沙崙國中位處台南市歸仁區武東里（原台南縣歸仁鄉武東村），校地總面積約5.18公頃。乃為因應台灣高速鐵路通車後，台南高鐵站所帶來的周邊發展與人口大量移入的教育需求、紓解歸仁地區原僅有一所國中學生數過多擁擠的問題而設立。在當時歸仁鄉劉朝銘鄉長、武東村葉平賢村長、黃振祥先生、李基隆先生、林石象先生等地方人士積極爭取、並獲得立法委員李俊毅、台南縣議會陳特清議員、曾王雅雲議員、鄉民代表會楊水池代表主席、林炎昭副主席、代表會等多位民意代表大力奔走，終在原台南縣縣長蘇煥智先生睿智決策下，經中央政府同意而成立建校。

    民國91年6月28日，台南縣立文賢國中陳仁政校長奉台南縣政府命令，負責籌劃沙崙國中建校任務，旋即積極展開籌備規劃工作。歷經：提報學校需求計畫、教育部建築師遴選、建校說明會、校名建議徵詢、招標、決標、工程進行、驗收…等工作，且於94年5月2日經台南縣政府核定成立、 94年8月開始招收第一屆學生。

    首任校長由陳仁政先生擔任，陳仁政校長竭心盡力、建校之功功不可沒。 96年8月陳仁政校長核准退休，由張銘賢校長接任第二任校長。因縣市合併緣故，原「台南縣立沙崙國民中學」於99年12月25日正式更名為「台南市立沙崙國民中學」，由張銘賢校長擔任更名後第一任校長。在100年8月1日由陳麗如校長接任第二任校長。在陳麗如校長的帶領下，全校同仁戮力辦學，並在地方高度支持下，校務蒸蒸日上，招生班級數每年俱增，各項對外的比賽均能有優異表現，升學成績也相當亮眼。

    108年8月1日，陳麗如校長任滿轉調他校，由陳柏蒼校長接棒，並在沙崙智慧綠能科學城的國家開發計畫推動下，著手規劃本校轉型為「K-12學校」。升格改制工作千頭萬緒，但相信在陳柏蒼校長的擘畫與全體教職員齊心合作下，融合既有在地的文化基礎，整合科學城周遭教育資源及雙語教學，並逐步邁向與國際接軌，沙崙國中的未來可期，定能邁向另一個新境界。